王菲在1996年怀孕后，便放弃了香港的生活，于6月回到北京嫁给了著名摇滚乐手窦唯。窦唯在王菲的音乐事业上有所交流，而王菲的另类道路来自于她与北京音乐圈的频繁接触。两人在很久之前就开始合作，比如早期的《执迷不悔》和《誓言》。在王菲两岸三地的演唱会上，窦唯也一直负责打鼓。他们生有一女，名为窦靖童，意为窦唯与王靖雯之女，生于1997年1月3日，王菲特意创作了一首歌《童》送给女儿。后来窦靖童在1999年的《只爱陌生人》中也献声了一句“Come on, baby”。窦唯、王菲两人于1999年离婚，而窦靖童抚养权归于王菲。

　　在经历了和谢霆锋的姐弟恋后，王菲于2005年下嫁李亚鹏，退出娱乐圈，专心当起了家庭主妇。2006年5月27日，王菲在北京协和医院剖腹顺利产下一女婴，这是她的第二个女儿，取名李嫣，遗憾的是李嫣天生兔唇，王菲夫妇为此特意把孩子带到美国进行了多次修补手术，并且成立了嫣然慈善基金，为贫困的兔唇患儿筹款治疗。

　　一直有传李亚鹏特别想要个儿子，王菲也很希望能够为李家传宗接代。2008年，王菲再度怀孕，和上次不同，李亚鹏高调透露太太怀孕的消息，更公开表示希望是男孩，两夫妻更到名寺求佛，希望能保孩子平安。遗憾的是，高龄的王菲最终流产，媒体引述妇科医生的话，表示王菲可能很难再怀孕了，这也为她和李亚鹏的婚姻留下遗憾，甚至有传两人的感情因此变淡。