按照旗县级公立医院综合改革工作的要求，二连浩特市医院已于2014年11月30日零时起施行全部药品零差率销售，正式取消药品销售加成。​

　　二连浩特市医院销售药品全部通过自治区药品招标采购办集中招标购入，实行药品零差率前，医院购入药品按规定加成15%出售。为了减轻患者的经济负担，2013年3月起，二连浩特市医院就已经施行了基本药物零差率销售，将国家及自治区共259种基本药物列入零差率销售范围，平均年让利患者84.8万元。​

　　2014年3月，国际卫计委会同财务部、中央编办、国家发改委和人社部联合发文，为全面推进县级公立医院综合改革提出指导意见，明确指出：县级公立医院改革是全面推进公立医院改革的重要内容，是解决群众“看病难、看病贵”问题的关键环节。改革的总体要求是要落实党的十八大和十八届三中全会精神，全面深化县级公立医院管理体制、补偿体制，价格机制、药品机制、药品采购、人事编制、收入分配、医保制度、监管制度等综合改革，建立起维护公益性、调动积极性、保障可持续的运行新机制，坚持以改革促发展，加强以人才队伍为核心的能力建设，不断提高县级公立医院医疗卫生服务水平。