纪检督察室的主要职责是监督党风廉政建设各项规定的落实和执行，监督审计干部政治纪律、审计工作纪律和机关工作纪律的遵守与执行情况，督促审计项目计划执行和审计整改工作，监督审计人员执行国家审计准则和审计业务制度情况，调查审计人员违反廉洁自律规定和各项纪律的情况，并提出处理意见和建议，协助上级审计机关、纪检部门和市纪委对全市审计系统相关案件进行调查、处理。