1991年8月3日，自治区家畜冷冻精液胚胎移植站在呼和浩特东南郊建成投产。移植站的建成投产，标志着自治区畜牧改良事业已由传统单一人工授精技术，走向多元化家畜生物工程技术时代。

　　随着我区畜牧业和家畜改良事业的不断发展，家畜改良机构经历了从无到有、从小到大、从散乱到健全。成立于1974年的内蒙古自治区家畜改良工作站，于1987年增设了家畜冷冻精液胚胎移植技术推广站。

　　1995年，内蒙古家畜冷冻精液胚胎移植新技术推广站并入内蒙古自治区家畜改良工作站(另挂内蒙古肉牛繁育中心)。

　　为适应我区现代畜牧业发展要求，更好地开展各项业务工作，2016年，内蒙古自治区家畜改良工作站更名为“内蒙古自治区畜牧工作站”。

　　目前，内蒙古自治区畜牧工作站已发展成为集畜禽改良科研、技术推广、种源生产、种畜禽质量监测于一体的全区畜禽改良社会公益性服务中心。